小马国与其他种族（幻形灵、狮鹫、牦牛等）的冲突成为主线。虫茧女王试图通过寄生控制小马国，最终被进化后的幻形灵王子“邪茧”击败。星光熠熠的救赎之路继续展开。

友谊任务拓展至国际，探索不同地区的文化矛盾（如狮鹫的贪婪、斑马的偏见）。暮光尝试建立“友谊学校”，为后续季铺垫。本季以单元剧为主，深入挖掘配角背景故事。

小马国与其他种族（幻形灵、狮鹫、牦牛等）的冲突成为主线。虫茧女王试图通过寄生控制小马国，最终被进化后的幻形灵王子“邪茧”击败。星光熠熠的救赎之路继续展开。

动画讲述了一只名叫做暮光闪闪/紫悦（Twilight Sparkle）的独角兽，要执行她导师塞拉斯缇娅公主/宇宙公主（Princess Celestia）的任务，在小马镇/小马谷（Ponyville）学习关于友谊的知识。她与另外五只小马，苹果杰克/苹果嘉儿（Applejack）、瑞瑞/珍奇（Rarity）、云宝黛西/云宝（Rainbow Dash）、小蝶/柔柔（Fluttershy）与萍琪/碧琪（Pinkie Pie），成为最要好的朋友。每只小马都分别代表了友谊的6个元素：诚实，慷慨，忠心，善良，欢笑，魔法，并在谐率水晶/和谐之元（Elements of Harmony）中，各自扮演着属于自己的重要角色。在动画中，随时可见她们在小马镇/小马谷（Ponyville）的种种冒险、奇遇、日常等等。同时，也在她们之间的互动和冲突中，寻找着最适合最合理的完美解决方案。 “尽管小马国并不太平，六位主角之间也常常有这样那样的问题，但是他们之间的真情对代，使得这个童话世界已经成为不少人心中理想的世外桃源。”

动画讲述了一只名叫做暮光闪闪/紫悦（Twilight Sparkle）的独角兽，要执行她导师塞拉斯缇娅公主/宇宙公主（Princess Celestia）的任务，在小马镇/小马谷（Ponyville）学习关于友谊的知识。她与另外五只小马，苹果杰克/苹果嘉儿（Applejack）、瑞瑞/珍奇（Rarity）、云宝黛西/云宝（Rainbow Dash）、小蝶/柔柔（Fluttershy）与萍琪/碧琪（Pinkie Pie），成为最要好的朋友。每只小马都分别代表了友谊的6个元素：诚实，慷慨，忠心，善良，欢笑，魔法，并在谐率水晶/和谐之元（Elements of Harmony）中，各自扮演着属于自己的重要角色。在动画中，随时可见她们在小马镇/小马谷（Ponyville）的种种冒险、奇遇、日常等等。同时，也在她们之间的互动和冲突中，寻找着最适合最合理的完美解决方案。 “尽管小马国并不太平，六位主角之间也常常有这样那样的问题，但是他们之间的真情对代，使得这个童话世界已经成为不少人心中理想的世外桃源。”

主角们发现谐律精华的起源——谐律之树，并从树中取得新力量。反派无序短暂洗白协助对抗黑晶王残余势力。季终暮光获得水晶城堡，标志友谊使命的正式化。

宇宙公主的妹妹月亮公主戏份增加。新地图“水晶帝国”重现，反派黑晶王试图夺权。主角团协助韵律公主守护帝国，暮光最终完成任务并进化成“天角兽”，成为友谊公主。

暮光与朋友们继续应对友谊挑战，并遭遇新反派——混沌之灵无序。她们通过合作将其石化。季终集揭露了主角们的“可爱标志”与谐律精华的深层联系，同时引入反派虫茧女王的伏笔。

一只叫紫悦的小马为了执行导师宇宙公主给她的任务,与助手穗龙一起来到小马谷学习有关友谊的知识.在小马谷中,她邂逅了几位好朋友,每只小马都代表着友谊的每个元素,并在和谐水晶中,各扮演重要的关键元素.此后,紫悦便与她认识的新朋友们开始了有趣的日常生活.

一架俄罗斯轰炸机坠毁，20号分部的秘密特种兵们——丹尼尔·麦卡利斯特、塞缪尔·怀亚特和格雷西·诺温——被派去执行调查任务。在那里，他们遇到了忠诚度十分可疑的俄罗斯特工卡特里娜·扎科娃。在新任指挥官亚历山大·科尔特兰上校的命令下，20号分部穿越东南亚地区追踪飞机上失窃的炸弹。库拉吉和扎尔科娃把炸弹带到印度尼西亚，并把其中一个炸弹提供给一个不活跃的伊斯兰恐怖网络。库拉吉安排他们被一个流氓特种部队抓住，打算利用这一事件煽动军事政变。20号分部进行干预并挫败了库拉吉的计划，促使他叛变。库拉吉摧毁了一颗冷战时代的卫星，卫星中装有发射阿塞拜疆化学武器设施的钥匙。在扎尔科娃能够强迫库拉吉停止发射之前，诺温杀死了库拉金，20分队冒着生命危险摧毁了该设施。